Vsi glavni kandidati za naslov so si zagotovili neposredno napredovanje v Q2, domačina Oguro pa čaka nastop v Q1. Dogajanje se je začelo že v prvih desetih minutah. Medtem ko je Fermin Aldeguer zaradi del na svojem Ducatiju ostal v garaži Gresinija, sta padla Alex Rins z Yamaho in Luca Marini s Hondo.

Kmalu zatem je Ogurina Aprilia tik pred boksi doživela tehnično okvaro. Zaradi nove težave moštva Trackhouse je na stezo izteklo olje, zato so trening prekinili z rdečo zastavo in očistili novo asfaltno površino Motegija. Po nadaljevanju je sledil mirnejši del treninga. Pri temperaturi okoli 23 stopinj Celzija so dirkači preizkušali različne zmesi gum, približno 20 minut pred koncem pa se je začel boj za neposredno uvrstitev v Q2.

Marco Bezzecchi je deloval precej bolj samozavestno kot v zadnjem obdobju in je v prvem krogu hitrih poskusov prevzel vodstvo pred Pedrom Acosto in Marcom Marquezom. Vodilni v prvenstvu Jorge Martin je imel prav tako dober čas in je bil peti. Na šestem in sedmem mestu sta bila Diogo Moreira in Johann Zarco. Njuna rezultata sta nakazovala, da bi lahko Hondino testiranje v Motegiju njenim dirkačem ta konec tedna pomagalo pri preboju nekoliko višje po razpredelnici.

V zadnjih minutah so dirkači še enkrat zapeljali na stezo s svežimi mehkimi gumami. Zarco je v zadnjem ovinku grdo padel in s tem prekinil obetaven hiter krog Bezzecchija.

Alex Marquez je minuto pred koncem izkoristil svoj poskus in se povzpel na vrh razpredelnice. Za njim so Acosta, Marc Marquez in Bezzecchi brez težav potrdili neposredno napredovanje v Q2, čeprav je Moreira s poznim padcem povzročil še rumeno zastavo. Martin je Q2 prav tako dosegel brez večjih težav in trening končal z osmim časom, čeprav se v zadnjem poskusu ni izboljšal. Zarco in Moreira sta kljub padcema za las obdržala mesti med prvo deseterico. Aldeguer in Ogura ju v zadnjih poskusih nista uspela izriniti, zato bosta morala v soboto najprej skozi Q1.

Petkovo dogajanje v Motegiju se je začelo s 45-minutnim FP1, na katerem je bil najhitrejši Marc Marquez. Na sprva nekoliko vlažni stezi, ki se je proti koncu treninga posušila, je odpeljal 1:44,073 in za 99 tisočink sekunde ugnal vodilnega v prvenstvu Jorgeja Martina. Marco Bezzecchi je bil tretji, Alex Marquez pa četrti z zaostankom 0,261 sekunde. Za neprijeten trenutek je že v uvodnem delu poskrbel Takaaki Nakagami. Japonec, ki je nastopil s povabilom, je na vlažni stezi doživel grd highside in si zlomil levo ključnico, zato so ga zdravniki razglasili za nesposobnega za nadaljevanje domače dirke. Za Alexom Marquezom sta FP1 na petem in šestem mestu končala Johann Zarco in Fabio Quartararo, Ai Ogura pa je bil 13.