Kvalifikacije razreda MotoGP v Motegiju, ki jih je močno oviralo močno deževje, je pred nedeljsko 24 krogov dolgo dirko dobil Marc Marquez, ki si je pred očmi Hondinih najvišjih predstavnikov pripeljal prvi najboljši štartni položaj po 1071 dneh čakanja, saj je bil zadnjih na kvalifikacijah najhitrejši ravno v Motegiju leta 2019. Na drugem mestu je tudi po zaslugi pridobljenih izkušenj z dirkanjem v prvi kvalifikacijski skupini končal dirkač ekipe Pramac Ducati Johann Zarco, na tretjem mestu pa je sploh prvič v karieri v prvi vrsti zaključil dirkač KTM-a Brad Binder.

Maverick Vinales na Aprilii, Jorge Martin na drugem Pramac Ducatiju in Vinalesov moštveni kolega v tovarniški ekipi Aprilie Aleix Espargaro bodo dirko pričeli iz druge vrste, iz tretje pa se bodo v preizkušnjo pognali Jack Miller na tovarniškem Ducatiju, Binderjev moštveni kolega Miguel Oliveira in Yamahin tovarniški dirkač Fabio Quartararo. Iz četrte vrste bodo dirko pričeli Luca Marini, Pol Espargaro in Francesco Bagnaia.

Marinijev moštveni kolega Marco Bezzecchi se je uspel uvrstiti na začetek pete štartne vrste, ob njem pa bosta dirko začela njegova rojaka Franco Morbidelli na Yamahi in Enea Bastianini na še enem Ducatiju. Bastianinijev moštveni kolega Fabio Di Giannantonio bo dirko začel tik za njim iz šeste vrste, kjer mu bosta družbo delala Španca Alex Marquez na Hondi in Alex Rins na Suzukiju.

Hondin testni dirkač Tetsuta Nagashima bo dirko pričel iz začetka sedme vrste, kamor sta se uvrstila še Avstralec Remy Gardner na KTM-u ekipe Tech3 in Suzukijev testni dirkač Takuya Tsuda. Gardnerjev moštveni kolega Raul Fernandez ter moštvena kolega iz ekipe RNF Yamaha Cal Crutchlow in Darryn Binder bodo tvorili osmo štartno vrsto.

Takaaki Nakagami bo dirko, če bo dobil dovoljenje zdravnikov ob poškodbi prstov desne roke, začel iz končnega petindvajsetega mesta in devete štartne vrste.